해양생태계의 보전 및 지속적인 이용을 도모하고 생물다양성을 확보하기 위하여 해양 생태계 전반에 대한 종합적·체계적인 조사를 실시하고 이를 통하여 해양생태계 관련 정책 및 제도 마련

해양생태정보에 대한 체계적 관리를 위한 자원통합 및 시스템 통합체계를 구축하여 우리나라 해양생태환경에 대한 체계적·과학적 정보를 제공하고, 해양생태보전에 대한 국민인식 증진 및 해양생태 관리 정책결정 지원

보호대상해양생물 및 서식지 보전·관리, 유해교란해양생물 관리를 통한 해양생태계의 건강성 유지 및 해양생물 자산의 지속가능한 이용 제고

방제전문기관으로서 방제능력 확보를 통한 오염사고 대응능력 강화 신속하고 합리적인 방제조치를 통한 해양오염 최소화 해양오염사고 발생 대비 국내 및 국외 유관기관과의 협력체제 유지

항만내 부유쓰레기 적기수거를 통한 깨끗하고 쾌적한 해양환경보전사업 수행 선박 및 장비의 정기적 수리실시를 통한 사업운영의 안전성 제고 및 법정 선박검사 대비 철저 노후청항선 대체 건조비 등 정부예산 반영을 통한 정부위탁사업의 효율적 수행

공공재로써 국가 해운, 항만, 물류 기능 유지를 위한 안정적인 예선서비스 공급 국가 재난대응 기관으로스 해양안전 확보를 위한 해양사고 대응력 강화 공공기관으로서 인권, 안전, 양질의 일자리 창출 등 사회적 가치 실현

해양보호구역 자율형 관리체계 구축(중장기평가: 시흥갯벌 습지보호지역, 소화도 주변해역 해양보호구역, 가거도 주변해역 해양보호구역), 인식증진(제17회 세계 습지의 날 기념행사, 제11회 해양보호구역대회, 관리자 역량강화 교육) , 대외협력(람사르협약, 동북아환경협력계획, IUCN 대응, 지역해양보호구역센터네트워크 활성화 등)

복원 대상지 조사, 기본계획 수립(복원사업 구상, 자연생태 및 사회경제 현황조사, 복원사업 추진 로드맵 수립, 기본계획(안) 제시, 편익분석 등), 실시계획 수립(생태계 모니터링, 실시계획 수립, 토지매입을 위한 자금관리 등), 시공 등

· 방제전문기관으로서 방제능력 확보를 통한 오염사고 대응능력 강화 · 신속하고 합리적인 방제조치를 통한 해양오염 최소화 · 해양오염사고 발생 대비 국내 및 국외 유관기관과의 협력체제 유지

· 항만내 부유쓰레기 적기수거를 통한 깨끗하고 쾌적한 해양환경보전사업 수행 · 선박 및 장비의 정기적 수리실시를 통한 사업운영의 안전성 제고 및 법정 선박검사 대비 철저 · 노후청항선 대체 건조비 등 정부예산 반영을 통한 정부위탁사업의 효율적 수행